Как записать родительские генотипы

Информация о материале: Просмотров: 15166

Содержание

Ответы

Менделевское наследование

Q: Какие буквы нужно использовать для записи родительских генотипов?
A: Вы можете записывать родительские генотипы используя символы юникода. Так что, вы можете использовать как английские буквы, так и буквы других национальных алфавитов (например кириллицу). [Back to the top]

Q: Как правильно обозначить доминантные и рецессивные аллели в родительском генотипе?
A: Вы можете использовать для обозначения доминантного и рецессивного аллеля одну и туже букву, например обозначить доминантный аллель как "A", а рецессивный аллель как "a". Но это не является обязательным условием и вы можете обозначать их разными буквами, например обозначить доминантный аллель как "R", а рецессивнй аллель как "w". [Back to the top]

Q: Как программа определяет какая буква обозначает доминантный аллель, а какая рецессивный?
A: Для этого программа использует таблицу ascii. Буква, которая располагается выше по порядку будет доминировать над буквами, которые располагаются ниже. Например если вы запишите родительский генотип например вот так "BG", то "G" будет считаться рецессивным аллелем, а "B" доминантным. А в записи "ct" "t" будет рецессивным аллелем, а "c" доминантным. Буквы в верхнем регистре доминируют над буквами в нижнем регистре. Поэтому для того чтобы не запутаться предпочтительно использовать букву в верхнем регистре как первую букву доминантного аллеля и букву в нижнем регистре как букву рецессивного аллеля. Например так:

Example1 : Aa X Aa (моногибридное скрещивание)
Example2 : AaBb X AaBb (дигибридное скрещивание)
Example3 : AaBbCc X AaBbCc (полигибридное скрещивание)
[Back to the top]

Q: Можно ли обозначить аллель несколькими буквами?
A: Да. Для этого есть несколько способов. В программе вы можете видеть поле "Символов в аллеле". По умолчанию его значение равно 1. Вы можете изменить это значение, например на 2. И тогда вы можете обозначить аллель двумя буквами. Например вот так:

Example1 : Cscs X Cscs (моногибридное скрещивание)
Example2 : TrtrCscs X TrtrCscs (дигибридное скрещивание)
Example3 : TrtrCscsYwyw X TrtrCscsYwyw (полигибридное скрещивание)

Но как вы можете видеть в этом способе есть существенное ограничение - вы должны все аллели в родительских генотипах обозначать двумя буквами. Это не всегда удобно. Достаточно часто аллели нужно обозначать используя разное количество букв. Для этого есть более простой способ, где вы можете использовать натуральные названия для обозначения аллелей. Для этого нужно заключить запись аллеля в эти символы <Имя аллеля>. Например так:

Example1 : <Yellow><green> X <Yellow><green> (моногибридное скрещивание)
Example2 : <Yellow><green><Big><smoll> X <Yellow><green><Big><smoll> (дигибридное скрещивание)
Example3 : <Yellow><green><Big><smoll><Normal><bar> X <Yellow><green><Big><smoll><Normal><bar> (полигибридное скрещивание)
[Back to the top]

Q: Как можно обозначить в программе множественные аллели?
A: Имя группы множественных аллелей обозначается одной общей буквой, а идентификатор заключается в специальные символы - X. Записи родительских генотипов должны выглядеть например вот так:

Example1 : I<A>I<o> X I<B>I<o>
Example2 : R<Green>R<Yellow> X R<Blue>R<Red>
Example3 : N<A>N<ar> X N<A>N<ar>
[Back to the top]

Q: Можно ли обозначать фенотип дикого типа, используя естественную запись в виде знака "+"?
A: Да. Вы можете использовать знак "+" для обозначения фенотипа дикого типа. Например вот так:

Example1 : +a X +a (моногибридное скрещивание)
Example2 : +a+b X +a+b (дигибридное скрещивание)
Example3 : +a+b+c X +a+b+c (полигибридное скрещивание)
[Back to the top]

Q: Можно ли одновременно обозначать аллели несколькими буквами и использовать знак "+" для обозначения аллелей дикого типа?
A: Да. Но для этого необходимо аллели, которые обозначаются знаком "+", также заключить в символы <+>. Например вот так:

Example1 : <+><green> X <+><green> (моногибридное скрещивание)
Example2 : <+><green><+><smoll> X <+><green><+><smoll> (дигибридное скрещивание)
Example3 : <+><green><+><smoll><+><bar> X <+><green><+><smoll><+><bar> (полигибридное скрещивание)
[Back to the top]

Q: Как обозначить признаки, которые доминируют над "<+>"?
A: Это можно сделать только для аллелей, которые обозначаются несколькими буквами. Имя такого аллеля должно начинаться с символа, который располагается выше, чем символ "+", в таблице ascii. Например с символа "#". Также для этого можно использовать множественные аллели.

Example1 : <#Yellow><+> X <+><green>
Example2 : A<vy>a<> X I<+>a<>
[Back to the top]

Сцепленное наследование и наследование сцепленное с полом

Q: Как можно обозначить в программе сцепление генов?
A: Для обозначения сцепления в программе сцепленные аллели нужно заключить в скобки - "( )". Каждая группа сцепленных генов должна включать две группы аллелей, которые заключены в скобки и число аллелей в этих двух группах должно быть одинаковым. Записи родительских генотипов должны выглядеть например вот так:

Example1 : (AB)(ab) X (Ab)(aB)
Example2 : (AbC)(aBc) X (ABC)(abc)
Example3 : (ABcD)(aBCd) X (AbCD)(abcd)
[Back to the top]

Q: Как можно обозначить в программе сцепление генов с X - хромосомой?
A: Каждая группа сцепленных генов состоит из двух групп аллелей, которые заключены в скобки, поэтому перед группой аллелей можно просто записать название хромосомы X или Y. А для того, что бы продемонстрировать отсутствие генов в Y - хромосоме нужно использовать символы "-" или "_" - для каждого отсутствующего гена. Записи родительских генотипов могут выглядеть например вот так:

Example1 : X(AB)X(ab) X X(AB)Y(--)
Example2 : X(ABC)X(abc) X X(ABC)Y(---)
Example3 : X(ABCD)X(abcd) X X(ABCD)Y(----)
[Back to the top]

Q: Обязательно ли обозначать хромосому с которой сцеплены гены только как X или Y ?
A: Нет не обязательно. Например можно записать родительские генотипы так:

Example1 : R(ABC)R(abc) X R(ABC)R(abc)
Example2 : R(ABC)R(abc) X R(ABC)O(---)
[Back to the top]

Q: Можно ли обозначить сцепленные аллели несколькими буквами и использовать знак "+" для обозначения аллелей дикого типа?
A: Да, например вот так:

Example1 : (<Yellow><Big>)(<green><smoll>) X (<Yellow><Big>)(<green><smoll>)
Example2 : (<Yellow><Big><Met>)(<green><smoll><met>) X (<Yellow><Big><Met>)(<green><smoll><met>)
Example3 : (<+><+><+>)(<green><smoll><met>) X (<+><+><+>)(<green><smoll><met>)
[Back to the top]

Q: Как правильно записать родительские генотипы, если между сцепленными генами происходит кроссинговер ( генетическая рекомбинация )?
A: В этом случае в запись генотипов родителей мы должны включить значение частоты рекомбинации между генами - это значение должно быть заключено в символы процентов ( значение не должно быть больше 50% ). Есть три варианта для такой записи. Каждая группа сцепленных генов состоит из двух групп аллелей, которые заключены в скобки, поэтому значение частоты рекомбинации вы можете включить в запись любой из групп аллелей или одновременно в обе. Все три варианта являются верными и вы можете использовать тот, который вам больше нравиться ( в последнем варианте можно записать разные значения частоты рекомбинации, но в этом случае программа будет использовать для решения задачи - только первое значение). Например вот так:

Variant1 : (A%20%B)(ab)
Variant2 : (AB)(a%20%b)
Variant3 : (A%20%B)(a%20%b)

Example1 : (A%20%b)(aB) X (Ab)(a%20%B)
Example2 : (+%20%b)(a+) X (+%20%b)(a%20%+)

Для генов сцепленных с полом (X - хромосомой):
Example1 : X(A%20%b)X(aB) X X(Ab)Y(--)
[Back to the top]

Q: Для какого числа генов в одной группе сцепления можно использовать частоту рекомбинации в записи родительских генотипов?
A: Вы можете использовать частоту рекомбинации только для трех аллелей в каждой группе сцепленных генов максимум. Значения частот рекомбинации для двух родительских генотипов могут быть различными, но сумма этих значений для каждого из них не должна быть больше 50%. Записи родительских генотипов могут выглядеть например вот так:

Example1 : (A%20%B%10%C)(abc) X (A%20%B%10%C)(abc)
Example2 : (A%20%B%10%C)(abc) X (A%8.4%B%12.5%C)(abc)
Example3 : (A%20%B%10%C)(abc) X (ABC)(a%8.4%b%12.5%c)

Для генов сцепленных с полом (X - хромосомой):
Example1 : X(A%20%B%10%C)X(abc) X X(A%26.2%B%16.8%C)Y(---)
Example2 : R(A%20%B%10%C)R(abc) X R(A%20%B%10%C)R(abc)
[Back to the top]

Q: Можно ли обозначить сцепленные аллели несколькими буквами и использовать знак "+" для обозначения аллелей дикого типа в задачах с кроссинговером?
A: Да, например вот так:

Example1 : (<Yellow>%20%<Big>)(<green><smoll>) X (<Yellow>%8.4%<Big>)(<green><smoll>)
Example2 : (<Yellow>%20%<Big>%10%<Met>)(<green><smoll><met>) X (<Yellow>%8.4%<Big>%12.5%<Met>)(<green><smoll><met>)
Example3 : (<+><+><+>)(<green>%20%<smoll>%10%<met>) X (<+><+><+>)(<green><smoll><met>)

Для генов сцепленных с полом (X - хромосомой):
Example1 : W(<Yellow>%20%<Big>)W(<green><smoll>) X W(<Yellow>%10.6%<Big>)o(--)
Example2 : X(<Yellow>%20%<Big>%10%<Met>)X(<green><smoll><met>) X X(<Yellow>%10.6%<Big>%34.8%<Met>)Y(---)
Example3 : X(<+><+><+>)X(<green>%20%<smoll>%10%<met>) X X(<+><+><+>)Y(---)
[Back to the top]

Полигенное наследование

Q: Как можно обозначить в программе полимерные гены?
A: Если доминантный и рецессивный аллели полигенов вы обозначаете одинаковыми буквами, но в разном регистре ( доминантный - в верхнем, а рецессивный в нижнем ), то начиная с версии 3.3 вы можете записать родительские генотипы например, просто так:

Example1 : AaAaAa X AaAaAa
Example2 : BbBbBb X BBbbBb
Example3 : CcCCccCcCc X CCCcCcccCc

Но если вы обозначаете доминантный аллель разными буквами, то каждую группу полигенов в записи родительских генотипов вы должны заключить в символы двоеточия, например вот так

Example1 : :RtRtRt: X :RtRtRt:
Example2 : :SwSSwwSwSw: X :SSSwSwwwSw:
Example3 : :<Dom><rec><Dom><rec><Dom><rec>: X :<Dom><rec><Dom><rec><Dom><rec>:
Example4 : :<Dom><rec><Dom><rec><Dom><rec>: X :<Dom><Dom><rec><rec><Dom><rec>:
[Back to the top]

Полиплоидия и нерасхождение хромосом

Q: Как получить все возможные комбинации гамет для диплоидов и полиплоидов, в том числе и те, которые являются результатом нерасхождения хромосом?
A: Для этого нужно каждую группу хромосом (генов) в записи генотипа родителей заключить в символы амперсанда, например так:

Example1 : &XX&
Example2 : &AAA&
Example3 : &BBBB&
[Back to the top]

Q: Будут ли достоверными полученные соотношения, если учитывать все возможные комбинации гамет?
A: Так как нерасхождение хромосом возникает достаточно редко, то соотношение гамет в данном случае не будет соответствовать действительности, также как и соотношение по генотипам или фенотипам. [Back to the top]

Q: Как отобрать только нормальные гаметы у полиплоидов из всех возможных комбинаций?
A: Для того, чтобы отобрать только нормальные гаметы в конец записи необходимо добавить символы процентов вот так:

Example1 : &XX%%&
Example2 : &AAA%%&
Example3 : &BBBB%%&
[Back to the top]

Q: Как программа определяет какие гаметы у полиплоидов нормальные?
A: В случае четного числа наборов хромосом плоидность просто делится на 2. В случае нечетного числа плоидность также делится на 2, но затем к полученному результату прибавляют 0.5 и отнимают 0.5 и таким образом мы получим два значения.

Example1 : &XX%%& для диплоидов нормальные гаметы это гаплоиды (X) (2/2 = 1(A)).
Example2 : &AAA%%& для триплоидов нормальные гаметы это гаплоиды (A) и диплоиды (AA) (3/2 = 1.5; 1.5 + 0.5 = 2(AA); 1.5 - 0.5 = 1(A)).
Example3 : &BBBB%%& для тетраплоидов нормальные гаметы это диплоиды (BB) (4/2 = 2(BB)).
Example4 : &AAAAA%%& для пентаплоидов нормальные гаметы это триплоиды (AAA) и диплоиды (AA) (5/2 = 2.5; 2.5 + 0.5 = 3(AAA); 2.5 - 0.5 = 2(AA)).
Example5 : &BBBBBB%%& для гексаплоидов нормальные гаметы это триплоиды (BBB) (6/2 = 3(BBB)).
[Back to the top]

Q: Как отобрать гаметы с определенной плоидностью?
A: Если нужно отобрать только гаметы с определенной плоидностью, то для этого ты должен между знаками процентов написать нужное значение.

Example1 : &AAA%1%& если нужны только гаплоидные гаметы
Example2 : &AAA%2%& если нужны только диплоидные гаметы
[Back to the top]

Q: Будут ли достоверными полученные соотношения, если учитывать только нормальные гаметы?
A: Соотношение нормальных гамет полностью достоверно и если для обоих родительских генотипов в скрещивании вы используете отбор нормальных гамет, то и соотношения по генотипам и фенотипам будет достоверным. [Back to the top]

Q: Можно ли использовать доминантные и рецессивные обозначения аллелей для полиплоидов?
A: Да, но в каждой группе полиплоидных генов ты можешь использовать только по одному типу доминантного и рецессивного аллелей, например вот так:

Example1 : &XY%%& верно
Example2 : &AAa%%& верно
Example3 : &Bbb%%& верно
Example4 : &Aab%%& неверно
[Back to the top]

Q: Какие например могут быть варианты родительских генотипов для полиплоидов?
A:

Example1 : &AAA%%& , &AAa%%& , &Aaa%%& , &aaa%%& для триплоидов
Example2 : &AAAA%%& , &AAAa%%& , &AAaa%%& , &Aaaa%%& , &aaaa%%& для тетраплоидов
Example2 : &AAAAAA%%& , &AAAAAa%%& , &AAAAaa%%& , &AAAaaa%%& , &AAaaaa%%& , &Aaaaaa%%& , &aaaaaa%%& для гексаплоидов
[Back to the top]

Q: Важен ли порядок написания доминантных и рецессивных аллелей для полиплоидов?
A: В отличие от полигенного наследования - для полиплоидии порядок написания доминантных и рецессивных аллелей неважен.

Example1 : &aAa%%&
Example2 : &aaA%%&
[Back to the top]

Q: Можно ли обозначить аллели для полиплоидов несколькими буквами ?
A: Да, например вот так:

Example1 : &<Dom><Dom><Dom><rec>%%& X &<Dom><Dom><rec><rec>%%&
Example2 : &<Dom><Dom><Dom><Dom><rec><rec>%%& X &<Dom><Dom><rec><rec><rec><rec>%%&
[Back to the top]

Продукт:	Генетический калькулятор
Версия:	4.0 final
Размер:	14.3 Mb
Язык:	En / Ru
Лицензия:	Бесплатная
ОС:	Win XP/Vista/7/8